El sector de la industria alimentaria se halla ante nuevos retos en materia de seguridad consecuencia fundamentalmente del aumento del comercio mundial donde no siempre se llevan a cabo los controles necesarios con el resultado  del desarrollo de nuevos patógenos y el aumento de productos que por sus tratamientos en origen son resistentes a los antibióticos si hay restos de los mismos en el producto que se pone  a la venta en los lineales de la distribución.

Según análisis realizados desde la organización Ainia para la innovación de la industria alimentaria, uno de los primeros factores a tener en cuenta por el sector es el fuerte desarrollo del comercio mundial y la no existencia en muchos países de los controles necesarios de los productos con riesgo de trasmisión de enfermedades con efectos negativos sobre el consumidor y sobre las propias industrias. En concreto se considera como preocupante el incremento de bacterias resistentes a los antibióticos con riesgo de provocar infecciones graves y hasta mortales. Bruselas tiene limitado el uso de antibióticos en las cabañas ganaderas y de fitosanitarios en las producciones agrícolas y hay en marcha nuevas medidas en ambas direcciones, desde el empleo de un antibiótico en la ganadería o uso de fitosanitarios en la agricultura antes de su comercialización, por lo cual son fundamentales unos controles rigurosos que no siempre se llevan a cabo fundamentalmente fuera de la Unión Europea. En 2021 las mayores alertas se produjeron en la producción de pollo intensivo, pero también hubo alertas en otras producciones por superar los límites de residuos de diferentes tratamientos. De cara al futuro, la seguridad alimentaria se ve como  uno de los desafíos más importantes para la industria, coinciden en la patronal del sector